COVRA heeft een bijzondere rol in Nederland. Het is de enige erkende organisatie die radioactief afval mag inzamelen, verwerken, verpakken en opslaan. Vanwege haar unieke rol gaat COVRA zeer zorgvuldig om met de belangen van al haar stakeholders. Het bedrijf is een staatsdeelneming, die geacht wordt financieel onafhankelijk te kunnen opereren. Bij de overdacht van afval aan COVRA wordt een tarief in rekening gebracht dat haar diensten over de gehele afvalketen (van transport tot en met eindberging) dekt. Het langetermijn beheerrisico wordt door COVRA overgenomen. Dit is uniek in Europa.
COVRA publiceert jaarlijks een tarievenlijst voor haar standaardafval, emballagekosten en diensten. Daarnaast worden de kostprijzen periodiek herijkt, zodat die de actuele kosten en hoeveelheden weerspiegelen. Deze actuele kostprijzen vormen de basis voor de tarieven. De systematiek om tot de kostprijsberekening te komen wordt getoetst door de onafhankelijke externe accountant en geaccordeerd door de Raad van Commissarissen. De ANVS ziet er op toe dat de tarieven conform de wetgeving transparant, objectief en non-discriminatoir zijn. COVRA ontwikkelt regelmatig nieuwe producten en diensten die met dezelfde systematiek geprijsd worden.
In de tariefstelling voor haar diensten baseert COVRA zich op een aantal uitgangspunten, die onder andere in het Nationaal Programma zijn vastgelegd.
1. De vervuiler betaalt: er is geen directe of indirecte overheidssubsidie. Alle kosten van het afvalbeheer worden in de tarieven verrekend waarbij de aandeelhouder (de Staat) een rendement op eigen vermogen verwacht om de continuïteit als zelfstandige onderneming te kunnen waarborgen.
2. Transparante tarieven: de tarievenlijst voor de verwerking van standaardafval is publiek beschikbaar. Daardoor weten aanbieders van afval van te voren wat de kosten zijn.
3. Non-discriminatoire tarieven: aan alle klanten worden dezelfde tarieven berekend voor dezelfde service.
4. Objectief: de tarieven zijn gestoeld op een rationele basis. Persoonlijke relaties en emotionele overwegingen spelen geen rol.
Daarnaast geldt dat de tarieven billijk moeten zijn en geen aanleiding moeten geven voor ontwijkgedrag bij de producenten van afval. Eventuele tariefsaanpassingen worden geleidelijk doorgevoerd.
Voor tarieven voor niet-standaard afval worden niet-publieke, bilaterale afspraken gemaakt op commerciële basis. COVRA geeft publiekelijk inzicht in haar gevoerde beleid en bedrijfsvoering door middel van een integraal MVO en financieel jaarverslag, dat wordt beoordeeld in de nationale transparantiebenchmark.